Szpital rozpoczął swoją działalność 01.03 1952 r. w Elblągu ul. Amosa Komeńskiego 35 W okresie swojej działalności zmieniał nazwę z Garnizonowego Szpitala na 110 Szpital Wojskowy. Wiele lat funkcjonował jako Szpital Specjalistyczny w Elblągu. Obecna nazwa to Szpital Miejski św. Jana Pawła II w Elblągu.
W czerwcu 2016 r. Rada Miejska w Elblągu podjęła decyzję o połączeniu SPSZOZ Szpitala Miejskiego im. Jana Pawła II w Elblągu - ul. Żeromskiego z Elbląskim Szpitalem Specjalistycznym z Przychodnią przy ul. J.A.Komeńskiego. Od 1 grudnia 2016 r. obie jednostki funkcjonują w jednej strukturze pod nazwą Szpital Miejski św. Jana Pawła II w Elblągu.

1. W skład podmiotu leczniczego: Szpital Miejski św. Jana Pawła II w Elblągu wchodzą zakłady lecznicze podmiotu leczniczego:
   1) Szpital Miejski, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna:
       a) Szpital Miejski,
   2) Przychodnia Szpitala Miejskiego, w której skład wchodzą jednostki organizacyjne:
      a) Przychodnia Szpitala Miejskiego,
      b) Medyczne Laboratorium Diagnostyczne,
   3) Zakład Opiekuńczo- Leczniczy, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna:
     a) Zakład Opiekuńczo - Leczniczy.
   4) Zakład Lecznictwa Psychiatrycznego Stacjonarnego, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna:
     a) Centrum Zdrowia Psychicznego – część Szpitalna,
   5) Zakład Lecznictwa Psychiatrycznego Ambulatoryjnego, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna:
     a) Centrum Zdrowia Psychicznego – część Ambulatorium.

Zarząd: 

Dyrektor - lek. Mirosław Gorbaczewski 
Z-ca Dyrektora ds. Lecznictwa Zamkniętego – lek. Jacek Wójcik
Z-ca Dyrektora ds. Lecznictwa Ambulatoryjnego – lek. Dariusz Paulo
Z-ca Dyrektora ds. Pielęgniarstwa -  mgr Arletta Peplińska
Z-ca Dyrektora ds. Ekonomiczno-Finansowych/ Główny Księgowy – mgr Małgorzata Kościn 
Z-ca Dyrektora ds. Technicznych – mgr Maciej Latecki
Z-ca Dyrektora ds. Organizacyjno – Kadrowych – mgr Ewa Pietryka

Obecnie szpital zatrudnia blisko 1000 pracowników w tym ponad 160 lekarzy i ponad 370 pielęgniarek i położnych - liczba personelu medycznego przekracza 800 osób.